"Знатоки! Убивать надо таких знатоков! "Студебеккер" ему подавай! "(С)   

"Вы может не знаете", но в Феодосии ЕСТЬ несколько заводов и предприятий , которые причастны к судоремонту или могут быть вовлечены в судоремонт.

ФГУП Море (судостроительный завод)
ФГУП Феодосийский судомеханический завод
ГУП РК Феодосийский оптический завод
ГУП РК НИЦ Вертолет
Конструкторско-технологическое бюро Судокомпозит
Феодосийский торпедный завод Гидроприбор

В Феодосии есть вполне работающий судомеханический завод : http://fsmz.su/ , которому вполне могли препоручить работы по техобслуживанию  двух дизельных двигателей и трех дизель-генераторов БДК. 

А судостроительный завод "Море" в Феодосии (https://moreship.ru/)  среди разных своих специализаций   в том числе ремонта, выпуска больших металлоконструкций и выпуска специализированных судов со стальным корпусом (водолазного судна, траулера-сейнера, спасательного судна, земснаряда)  , имеет специализированную лабораторию, которая проводит сертификационные испытания судов :

В связи с предпринимаемыми российскими и крымскими властями усилиями по загрузке крымских предприятий  заказами , на оба вышеупомянутых завода - ФСМЗ и "Море" - могли распределить через ОСК выполнение каких-то заказов по ремонту  БДК "Новочеркасск"  полностью  или частично

Вам уже несколько раз объяснили :  взорвался БК от "Града" - примерно 300 реактивных снарядов = 6 тонн "пороха" и 2-3 тонны ВВ неизвестной мощности (но превышающей тротил) + артиллерийский БК . Помещение для хранения снарядов  "Град" и снарядов для спаренной корабельной артиллерийской установки калибра 57 мм расположены как раз в подпалубном пространстве поближе к "Граду" и пушке, т.е. как раз в том месте , где и произошел большой взрыв.  Артиллерийский БК к пушке АК-725 должен быть довольно значительным, так как эта пушка выстреливает 200 снарядов в минуту, И на полчаса боя требуется 2-4 тысячи снарядов калибра 57 мм. Каждый снаряд - это еще минимум килограмм пороха и 150 грамм ВВ в трассирующем ОФС (а других у этой пушки и нет): масса выстрела  - 6,35 кг , масса снаряда - 2,8 кг. Т.е. каждая 1000 снарядов в БК автомата - это еще  тонна пороха и 150 кг ВВ .  Если этих снарядов было 4000 (как в сообщении, приведенном Морозкой) , то это + 4 тонны пороха и 600 кг ВВ в додачу к БК "Град" . Все вместе это как  десяток ФАБ-1500, а то и поболее.

В складированном состоянии ракеты "Града" находятся в деревянных снарядных ящиках : по одному снаряду на ящик.  В предбоевом - в специальных держателях

Так он уже с завода вышел, раз стоял у причала и экипаж на нем присутствовал.   Или на заводской ремонт корабль вместе с экипажем загоняют ?

Для мелких доделок (например по электрике, сертификации, наладке, техобслуживанию и т.п.)  ничего такого не нужно  :  ни сварки , ни болгарок...  И обратная загрузка БК и прочих расходников  может у причала не один день происходить. Это все же  - от 1000 до 1500 тонн груза в "неудобье", с распределением по точкам хранения, а не просто насыпью, как на сухогрузе.

При загрузке на корабль могут и в ящиках по трапам носить, особливо если не сразу в  установку заряжают.

И для Града (А-215) , и для пушки АК-725 имеются специальные устройства хранения и подачи.  Вот в специальных держателях  этих устройств снаряды и находятся.

А до того, как их воткнут в держатели, они находятся в снарядных ящиках (обычно без взрывателей) . Вот в таких :

Потом их из ящиков достают и прикручивают взрыватели, вот так :

Члены экипажа могут присутствовать при ремонте в рабочее время завода, причем "местами" - там, где идут конкретные работы (если это будет согласовано)  , и живут они при этом отнюдь не на корабле, а в казармах на берегу, где их разместят, или по домам/гостиницам.   Кого-то на время ремонтных работ отправляют в отпуска, кого-то переводят на время в другие части.