С апреля 1991 до января 1994 был Госкомитет Российской Федерации (РСФСР) по делам гражданской обороны, чрезвычайным ситуациям и ликвидации последствий стихийных бедствий , а не Министерство. Министерство было образовано в январе 1994.
Что же касается Шойгу, то с 1988 по 1989 год он был вторым секретарем Абаканского городского комитета КПСС; с 1989 по 1990 год — инструктором Красноярского крайкома КПСС.
В 1990 году Шойгу уехал в Москву, рассчитывая на помощь друга своего тестя - бывшего первого серетаря Ачинского горкома КПСС Шенина, в то время - народного депутата СССР. Шойгу хотел возглавить Комитет по ликвидации последствий аварии на Чернобыльской АЭС в формирующемся правительстве Ивана Силаева , но депутаты Верховного Совета проголосовали против. Но чуть позже Шойгу получил пост заместителя председателя Госкомитета РСФСР по архитектуре и строительству .
Весной 1991 года Шойгу возглавил Российский корпус спасателей - организацию, созданную в декабре 1990 года и объединившую добровольные спасательные отряды, созданные альпинистами после разрушительных землетрясений в Ленинакане и Спитаке. Президент РСФСР предложил этой организации государственный статус и финансовую помощь в обмен на свободные и демократические выборы руководства. На этих выборах и победил Шойгу, заручившись то ли действительной, то ли вымышленной поддержкой Ельцина.
17 апреля 1991 года постановлением Совета Министров РСФСР Шойгу был утвержден в должности главы корпуса спасателей. В июле 1991 года РКС был переименован в Государственный комитет РСФСР по чрезвычайным ситуациям, а Шойгу назначен его председателем .
У новой организации не было ни помещения, ни штата, ни четкого плана действий. Несколько месяцев ушло на формирование первого отряда спасателей .
В августе 1991 года Шойгу активно поддержал Ельцина, за что впоследствии был отмечен медалью "Защитник свободной России" . Здесь разошлись пути Шойгу и Олега Шенина, поддержавшего ГКЧП. Во время путча спасатели Шойгу заняли здание комиссии Догужиева (Государственная комиссия по чрезвычайным ситуациям, созданная после землетрясения в Армении). Позже им достались системы связи, инфраструктура и стратегические запасы комиссии, которые создавались по всей стране на случай чрезвычайных ситуаций .
Осенью 1991 года Шойгу сумел добиться передачи под свой контроль сил гражданской обороны со всем вооружением, инфраструктурой и личным составом около 20 тысяч человек . Тем самым он повысил статус своего ведомства, подчинявшегося уже лично Ельцину. В общем там дело обстояло так, что предыдущий командующий войсками гражданской обороны Говоров 15 августа 1991 года, накануне ГКЧП - подал в отставку, и 17 августа Горбачев эту отставку принял. А 19 случилась катавасия с ГКЧП, после которой
"победитель ГКЧП" Ельцин настоял на передаче войск гражданской обороны министерства обороны СССР в Государственный комитет РСФСР по чрезвычайным ситуациям, которым рулил Шойгу,
Само ведомство в ноябре 1991 года было переименовано в Государственный комитет по делам гражданской обороны, чрезвычайным ситуациям и ликвидации последствий стихийных бедствий при президенте РСФСР.
В 1993 году, во время противостояния с Верховным Советом, Ельцин вновь положился на главу спасателей: в ночь на 4 октября ведомство Шойгу по просьбе Егора Гайдара получило разрешение на выдачу сотрудникам оружия.
31 января 1994 указом президента России Шойгу был введен в состав Совета безопасности РФ . В качестве члена Совета безопасности Шойгу участвовал в принятии решений о начале войны в Чечне в 1994 году, однако о его позиции по этому вопросу практически ничего не известно.
В феврале 1994 года его заслуги были отмечены новой наградой - орденом "За личное мужество" . Затем ведомство спасателей вновь повысило свой статус: комитет был преобразован в министерство. 20 ноября 1994 Шойгу стал министром РФ по делам гражданской обороны, чрезвычайным ситуациям и ликвидации последствий стихийных бедствий .
После реорганизации Шойгу представил правительству РФ заявку, предложив ввести в министерстве генеральские должности: 9 генерал-полковников, 33 генерал-лейтенанта, 76 генерал-майоров и 4 контр-адмирала, министру же присвоить звание генерала армии. Юрий Батурин предложение рассмотрел и исправил - Шойгу получил звание генерал-майора. А уже 5 мая 1995 года Указом президента России ему было присвоено звание генерал-лейтенанта .
Шойгу активно поддерживал команду Ельцина в ходе избирательной кампании 1995-1996 годов. В 1995 году он помогалЧерномырдинуорганизовывать движение "Наш дом - Россия", войдя в состав оргкомитета движения . Позже Шойгу входил в состав политсовета и занимал пост председателя комиссии Совета по вопросам борьбы с преступностью и правовой политике .
17 июля он 1996 получил благодарность Ельцина как активный участник "организации и проведения выборной кампании президента", куратор избирательной кампании в субъектах РФ.
До 1998 года Шойгу с Путиным не пересекался, ибо Путин работал в Питере у Собчака, и переехал в Москву только после поражения Собчака на выборах в августе 1996 года. Да и после переезда в Москву, вплоть до середины августа 1999 года Путин и Шойгу ходили по разным дорожкам, пока Путин не стал председателем правительства РФ, а Шойгу не стал его непосредственным подчиненным
========================
Бывший вице-мэр Петербурга контр-адмирал Вячеслав Щербаков упоминал, что Путина в августе 1996 приглашали в новую администрацию Владимира Яковлева, однако Путин, по свидетельству Игоря Сечина, счёл это предательством и наотрез отказался. Вскоре Путин был приглашён на работу в Москву на должность заместителя Павла Бородина, управляющего делами президента. Здесь он курировал юридическое управление и управление российской заграничной собственностью. По мнению писателя Роя Медведева, привлекая к работе Путина, Бородин учёл его опыт в международных деловых связях.
26 марта 1997 года Путин был назначен заместителем руководителя Администрации президента России — начальником Главного контрольного управления президента Российской Федерации, сменив на этом посту Алексея Кудрина. На эту должность его пригласил Валентин Юмашев, возглавивший Администрацию президента после того, как прежний руководитель Анатолий Чубайс перешёл на должность первого вице-премьера в правительстве Виктора Черномырдина. По словам Юмашева, именно Чубайс и предложил ему взять в администрацию Владимира Путина — «сильного кандидата, с которым он работал в Петербурге».
25 мая 1998 года по инициативе Юмашева Путин был назначен его первым заместителем в Администрации президента, ответственным за работу с регионами. К моменту назначения считался одной из самых влиятельных фигур в Кремле.
25 июля 1998 года по предложению Юмашева Путин был назначен директором Федеральной службы безопасности Российской Федерации Перед назначением Ельцин предлагал Путину повысить его в воинском звании до генерал-майора, однако Путин отказался, предпочтя стать первым гражданским директором ФСБ.
26 марта 1999 года Путин стал секретарём Совета Безопасности Российской Федерации, сохранив за собой пост директора ФСБ.
К началу мая 1999 года Ельцин в целом принял решение о передаче своей власти Путину. 5 августа на встрече с Путиным Ельцин сообщил о том, что хочет назначить его председателем правительства России.
С 9 августа Путин стал и.о., а с 16 августа - председателем правительства России. И вот тут-то они с Шойгу и стали встречаться по долгу службы.
